29 марта 2010 года судья Верховного суда Республики Карелия начал провозглашать приговор по уголовному делу по обвинению 6 уроженцев Чеченской республики и Дагестана.
Уголовное дело расследовалось 9 месяцев в связи с его сложностью и количеством обвиняемых. По делу выполнен значительный объем следственных действий: следователи допросили около 200 свидетелей и больше десятка потерпевших, проведено более 40 различных экспертиз (судебно медицинских по трупам и живым лицам, судебно-криминалистические, дактилоскопические, судебно-биологические, судебно-психиатрические и другие), а также более 40 опознаний свидетелями и потерпевшими участников нападения. Само уголовное дело составляет 30 томов, а только обвинительное заключение состоит из 800 страниц.
На первоначальном этапе расследования основную сложность для следователей представляло получение таких важных доказательств как показания потерпевших и свидетелей. Некоторые из них после трагических событий не могли вспомнить последовательность и детали произошедших преступлений. Эта забывчивость объяснялась страхом за свою жизнь и здоровье, так как пострадавшие и очевидцы опасались мести со стороны обвиняемых. Кроме того, имеющиеся противоречия в показаниях пострадавших и свидетелей объяснялась тем, что преступления были совершены в глубокой ночью среди большого скопления людей, находившихся в состоянии алкогольного опьянения. Несмотря на объективные трудности, следователи устранили противоречия в их показаниях, проведя многочисленные опознания участников драки и проверки показаний на месте с участием потерпевших и свидетелей.
На стадии расследования уголовного дела следователями выяснялись причины и условия, способствовавшие совершению преступлений.
После произошедших событий в городе Кондопога следствием были привлечены к уголовной и дисциплинарной ответственности сотрудники милиции Кондопожского ГОВД, которые не приняли необходимых мер по предотвращению и пресечению преступлений и правонарушений у ресторана «Чайка».
Милиционеры, охранявшие общественный порядок в городе во время массовых беспорядков и погромов, вследствие ненадлежащего исполнения ими служебных обязанностей допустили грубое нарушение общественного порядка - массовую драку между выходцами из кавказских республик и местными жителями. В результате двое убиты, а остальные 9 человек получили телесные повреждения различной тяжести.
По итогам расследования оперативный дежурный Кондопожского ГОВД Алексей Костин был привлечен к уголовной ответственности за допущенную им халатность при исполнении должностных обязанностей. Он осужден к 4 годам лишения свободы условно, а также лишен права занимать должности в правоохранительных органах в течение 3 лет.
Остальные сотрудники дежурной части, патрульно-постовой службы, вневедомственной охраны и ГИБДД были привлечены к уголовной и дисциплинарной ответственности. Не избежали наказания и высокопоставленные руководители министерства внутренних дел.
В ходе восстановления порядка в городе сотрудники милиции задержали 109 участников драк, массовых беспорядков и погромов. По результатам проведенных проверок 92 человека были привлечены к административной ответственности, в отношении 47 из них суд назначил наказание в виде штрафа, 45 - арестованы.
Кроме того, следствие получило неопровержимые доказательства виновности 12 участников в хулиганских действиях, в ходе которых они подожгли здания ресторана, павильонов, мебельного цеха, автомашин, принадлежащих уроженцам Кавказа. Суд согласился с доводами следствия и в ноябре 2007 года осудил каждого к 3 годам лишения свободы условно.
Также следствием было установлено, что трое из шести обвиняемых не были зарегистрированы по месту жительства в Кондопожском районе, что выявило факты нарушений законодательства о регистрации по месту пребывания и жительства. В связи с невыполнением судебных решений по выдворению нарушителей - уроженцев Кавказа, некоторые сотрудники Управления федеральной миграционной службы были привлечены к дисциплинарной ответственности.
По результатам выявленных упущений в деятельности органов местного самоуправления города и района Советом Кондопожского муниципального района было принято решение об отставке руководителя района. Глава республики отправил в отставку ряд высокопоставленных чиновников правительства республики.
По результатам проведенных проверок в силовых ведомствах были отправлены в отставку и освобождены от должностей начальник Управления ФСБ, министр внутренних дел, и прокурор РК.
В учебных заведениях республики прошла крупномасштабная просветительская акция, направленная на преодоление ксенофобии в молодежной среде.