27 сентября 2010 года Президентом РФ был подписан Указ, согласно которому прекратил свое существование Следственный комитет при прокуратуре РФ и образована новая федеральная самостоятельная структура - Следственный комитет Российской Федерации.
В целях законодательного урегулирования деятельности вновь созданного следственного органа Президентом РФ внесен проект закона «О следственном комитете РФ», а также законопроекты, направленные на внесение соответствующих изменений в действующее законодательство.
Во исполнение Указа Президента РФ 1 октября 2010 года приказом Первого заместителя Генерального прокурора РФ-Председателя Следственного комитета при прокуратуре РФ Бастрыкиным А.И. был подписан приказ о первоочередных мерах по реорганизации Следственного Комитета при прокуратуре РФ, в развитии которого руководителем следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ по Республике Карелия издан аналогичный приказ и создана рабочая группа, деятельность которой направлена на реорганизацию следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ по Республике Карелия и передачи всей необходимой документации правопреемнику- Следственному управлению Следственного комитета РФ по Республике Карелия. Речь идет не о полной ликвидации структур Следственного Комитета при прокуратуре РФ, а о формировании самостоятельной федеральной структуры, полномочия и компетенция которой будут определены Президентом РФ в ближайшее время в ФЗ «О Следственном комитете РФ».
Во исполнение действующего законодательства и процедуры реорганизации следственного органа 19 октября 2010 года в единый государственный реестр юридических лиц внесена запись о том, что следственное управление СК при прокуратуре РФ по Республике Карелия находится в процессе реорганизации в форме преобразования.
14 октября 2010 года приказом Первого заместителя Генерального прокурора РФ-Председателем Следственного комитета при прокуратуре РФ Бастрыкиным А.И. определено полное и сокращенное наименование следственных управлений. В Республике Карелия полное наименование – следственное управление Следственного комитета Российской Федерации по Республике Карелия, сокращенное – СУ СК России по Республике Карелия.